1998年,日本职业足球联赛实施甲级联赛(J1联赛)参赛附加赛赛制,附加赛胜者在次年参加J1联赛,败者将参加次年首届开幕的第二级别职业赛事。
1999年起,碰碰车日职联导入乙级联赛(J2联赛),同年起设联赛升降级制(该年的J2联赛参赛俱乐部为加盟日职联并在1999年日本足球联赛(旧JFL)取得前12名的9支俱乐部)。
2012年,日职联启用俱乐部许可证制度交付规则,2013年正式实施。制度规定日职联将每年对俱乐部进行财政、碰碰车基础设施等方面的审查,并对审查合格的俱乐部按标准发放J1、碰碰车J2或J3联赛牌照。当球队符合升级上级联赛资格但未持有所属联赛牌照时,将被取消升级资格 。
2014年,日职联导入丙级联赛(J3联赛),日本第三级别联赛日本足球联赛(JFL)变更为第四级联赛,同年J2降级联赛对象由JFL变更为J3联赛。